Jordi Esquena se incorporó al personal investigador del IQAC, donde lidera el Grupo de Química de Superficies desde 2008. Es miembro activo del International Advisory Board de Formula Conferences y fue el principal promotor y organizador (chairman) de la conferencia Formula VIII, celebrada en Barcelona (4–9 de julio de 2016). Es representante de la Sociedad Catalana de Química en la European Chemical Society (EuChemS), donde ejerce como editor web del Working Party on Formulation in Chemistry. Sus intereses científicos se centran en el estudio de los procesos de autoagregación de moléculas tensioactivas, el desarrollo de formulaciones adaptadas para aplicaciones tecnológicas y el uso de sistemas coloidales como plantillas para la creación de nanomateriales avanzados. Un tema importante es el estudio de las emulsiones agua-en-agua, así como otros sistemas coloidales, y el estudio de sistemas heterogéneos para la síntesis de nanopartículas y materiales porosos. Además, explora hidrogeles y microgeles biocompatibles, emulsiones de Pickering y superficies funcionalizadas para textiles médicos y sistemas de liberación de fármacos. Su investigación tiene como objetivo avanzar en la ciencia coloidal e interfacial, estudiando el comportamiento de fases y fenómenos interfaciales para diversas aplicaciones. Jordi Esquena es autor o coautor de 123 publicaciones indexadas, 3 patentes y 11 capítulos de libro. Su índice h es de 33 con una media de más de 400 citaciones anuales.
Jordi Esquena