BIOLOGIA QUÍMICA
Cap de grup: Gemma Triola
L’estudi dels processos biològics mitjançant l’ús d’eines químiques és l’àrea central de la Biologia Química. En les últimes dues dècades s´han produït grans avanços en el camp de la Biologia gràcies en part a l’aplicació d’estratègies químiques tals com la síntesi de molècules amb capacitat per a modular l’activitat d’enzims o bloquejar interaccions proteïna-proteïna, el disseny de noves sondes fluorescent, l’establiment de mètodes de proteòmica que permeten la identificació de noves dianes o el desenvolupament de tècniques per a la síntesi i modificació de proteïnes.
El nostre objectiu principal en aquest camp de recerca és el desenvolupament d´eines químiques que puguin contribuir a l’estudi i caracterització de malalties i a millorar el nostre coneixement de processos biològics rellevants, amb un interès especial en l’estudi de l’autofagia, rutes de senyalització cel·lular com Sonic Hedgehog i K-ras, interaccions lípid-proteïna i la regulació de la transcripció mitjançant el disseny de factors de transcripció artificials. Com a resultat d’això, els nostres interessos científics es reparteixen entre la química orgànica, la bioquímica, la biofísica i la química mèdica.
Les principals línies de recerca del grup es centren en.
- Disseny, síntesi i caracterització de molècules com a eines per a la recerca o potencialment moduladores de processos cel·lulars.
- Desenvolupament d’eines químiques per a regular i modular l’autofagia incloent molècules petites, pèptids i derivats de lípids. Aquesta línia de recerca també es centra en la caracterització de l’activitat biològica de squaramides (en col·laboració amb Dr. R. P.Herrera, ISQCH (CSIC-University of Zaragoza) i complexes de carbens N-heterocíclics amb or i plata (en col·laboració amb Dr. P. Sanz, ISQCH (CSIC-University of Zaragoza)
- Establiment de nous mètodes per a la síntesi i modificació de pèptids i proteïnes
- Caracterització d’interaccions lípid-proteïna, proteïna ADN/ARN i proteïna-proteïna.
Dins aquesta línia de recerca en hem centrat en l’estudi del paper dels lípids en la regulació de la funció de proteïnes. Hem establert una estratègia proteòmica per a identificar noves proteïnes que s’uneixin a ceramida, un esfingolípid amb un rol essencial en el control de processos cel·lulars com l’apoptosi. A més, hem establert una estratègia lipidòmica dirigida a la caracterització de la diversitat lipídica present en proteïnes modificades postraduccionalment mitjançant processos de lipidació.
Responsable Científic
Gemma Triola
Científic Titular
gemma.triola@iqac.csic.es
Juan Bautista Blanco
Científic Titular
juanbautista.blanco@iqac.csic.es
Personal de laboratori
Carla Busquets
Investigador predoctoral
carla.busquets@iqac.csic.es
Iván Sánchez
Investigador predoctoral
ivan.sanchez@iqac.csic.es
- Dinuclear silver and gold bisNHC complexes as drug candidates for cancer therapy
Mireia Quintana, Alba Rodriguez-Rius, Alba Vellé, Sonia Vives, Pablo J. Sanz Miguel, Gemma Triola
Bioorganic & Medicinal Chemistry, Volume 67, 1, August 2022
- Dinuclear silver and gold bisNHC complexes as drug candidates for cancer therapy
Quintana, M., Rodriguez-Rius, A., Vellé, A., Vives, S., Sanz Miguel, P.J., Triola, G.
Bioorganic and Medicinal Chemistry, 67, art. no. 116814, 2022
- On the Utility of Chemical Strategies to Improve Peptide Gut Stability
Kremsmayr, T., Aljnabi, A., Blanco-Canosa, J.B., Tran, H.N.T., Emidio, N.B., Muttenthaler, M.
Journal of Medicinal Chemistry, 2022
- Polymeric Composite Dressings Containing Calcium-Releasing Nanoparticles Accelerate Wound Healing in Diabetic Mice
Perez-Amodio, S., Rubio, N., Vila, O.F., Navarro-Requena, C., Castaño, O., Sanchez-Ferrero, A., Marti-Munoz, J., Alsina-Giber, M., Blanco, J., Engel, E.
Advances in Wound Care, 10 (6), pp. 301-316. 2021
- Palmitoylation as a Key Regulator of Ras Localization and Function
Busquets-Hernández, C., Triola, G.
Frontiers in Molecular Biosciences, 8, art. no. 659861, . 2021
- Native Chemical Ligation via N-Acylurea Thioester Surrogates Obtained by Fmoc Solid-Phase Peptide Synthesis
Palà-Pujadas, J., Blanco-Canosa, J.B
Methods in Molecular Biology, 2133, pp. 141-161. 2020
- A hydroxylamine probe for profiling S-acylated fatty acids on proteins
Schulte-Zweckel, J., Dwivedi, M., Brockmeyer, A., Janning, P., Winter, R., Triola, G.
Chemical Communications, 55 (75), pp. 11183-11186. 2019
- Identification of benzo[cd]indol-2(1H)-ones as novel Atg4B inhibitors via a structure-based virtual screening and a novel AlphaScreen assay
Quintana, M., Bilbao, A., Comas-Barceló, J., Bujons, J., Triola, G.
European Journal of Medicinal Chemistry, 178, pp. 648-666. 2019
- Activity-Based Imaging of Acid Ceramidase in Living Cells
Yadira F. Ordóñez, José Luís Abad, Mazen Aseer, Josefina Casas, Virginie Garcia, Mireia Casasampere, Edward H. Schuchman, Thierry Levade, Antonio Delgado, Gemma Triola and Gemma Fabrias
J. Am. Chem. Soc., 2019
- Peptide Ligations by Using Aryloxycarbonyl‐o‐methylaminoanilides: Chemical Synthesis of Palmitoylated Sonic Hedgehog
Judith Palà‐Pujadas, Prof. Dr. Fernando Albericio, Dr. Juan B. Blanco‐Canosa
Angew. Chem. 2018, 130, 1 – 7
- A biochemical and genetic discovery pipeline identifies PLCδ4b as a nonreceptor activator of heterotrimeric G-proteins
Maziarz, M., Broselid, S., DiGiacomo, V., Park, J.-C., Luebbers, A., Garcia-Navarrete, L., Blanco-Canosa, J.B., Baillie, G.S., Garcia-Marcos, M.
Journal of Biological Chemistry, 293 (44), pp. 16964-16983. 2018
- One-Pot Peptide Ligation-Oxidative Cyclization Protocol for the Preparation of Short-/Medium-Size Disulfide Cyclopeptides
Spengler, J., Blanco-Canosa, J.B., Forni, L., Albericio, F.
Org Lett, 20 (14), 4306-4309(2018).
- Molecular mechanism of Gαi activation by non-GPCR proteins with a Gα-Binding and Activating motif.
de Opakua AI, Parag-Sharma K, DiGiacomo V, Merino N, Leyme A, Marivin A, Villate M, Nguyen LT, de la Cruz-Morcillo MA, Blanco-Canosa JB, Ramachandran S, Baillie GS, Cerione RA, Blanco FJ, Garcia-Marcos M.
Nat Commun. 2017 May 18;8:15163.
- High Affinity Immobilization of Proteins Using the CrAsH/TC
Schulte-Zweckel, J.; Rosi, F.; Sreenu, D.; Schroder, H.; Niemeyer, C. M.; Triola, G.
Tag. Molecules, 21, 2016
- Semisynthetic lipidated LC3 protein mediates membrane fusion.
Yang A, Li Y, Pantoom S, Triola G, Wu YW.
Chembiochem. 14 1296-300, 2013
- Algar WR, Blanco-Canosa JB, Manthe RL, Susumu K, Stewart MH, Dawson PE, Medintz IL.
Synthesizing and modifying peptides for chemoselective ligation and assembly into quantum dot-peptide bioconjugates.
Methods Mol Biol. 2013;1025:47-73.
- Specific inhibition of GPCR-independent G protein signaling by a rationally engineered protein.
Leyme A, Marivin A, Maziarz M, DiGiacomo V, Papakonstantinou MP, Patel PP, Blanco-Canosa JB, Walawalkar IA, Rodriguez-Davila G, Dominguez I, Garcia-Marcos M.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Nov 28;114(48):E10319-E10328.
- Concurrent Modulation of Quantum Dot Photoluminescence Using a Combination of Charge Transfer and Förster Resonance Energy Transfer: Competitive Quenching and Multiplexed Biosensing Modality.
Algar WR, Khachatrian A, Melinger JS, Huston AL, Stewart MH, Susumu K, Blanco-Canosa JB, Oh E, Dawson PE, Medintz IL.
J Am Chem Soc. 2017 Jan 11;139(1):363-372.
- Squaramides with cytotoxic activity against human gastric carcinoma cells HGC-27: synthesis and mechanism of action.
Quintana, M. Alegre-Requena, J.V., Marqués-López, E., Herrera, R.P., Triola, G.
Med. Chem. Commun MedChemComm 7, 550-61, 2016
- Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition).
Klionsky DJ, Abdelmohsen K, Abe A, Abedin MJ, Abeliovich H, Acevedo Arozena A, Adachi H, Adams CM, Adams PD et al.
Autophagy. 12 1-222, 2016
- Specificity of Lipoprotein Chaperones for the Characteristic Lipidated Structural Motifs of their Cognate Lipoproteins.
Mejuch T, van Hattum H, Triola G, Jaiswal M, Waldmann H.
Chembiochem. 16 2460-5, 2016
- Chemical tools for modulating autophagy.
Triola, G.
Tetrahedron 3 387–406, 2015
- Chemical Protein Synthesis Using a Second-Generation N-Acylurea Linker for the Preparation of Peptide-Thioester Precursors.
Blanco-Canosa JB, Nardone B, Albericio F, Dawson PE.
J Am Chem Soc. 2015 Jun 10;137(22):7197-209.
- Site-specific, reversible and fluorescent immobilization of proteins on CrAsH-modified surfaces for microarray analytics.
Schulte-Zweckel J, Rosi F, Sreenu D, Schröder H, Niemeyer CM, Triola G.
Chem Commun (Camb). 50 12761-4., 2014
- Structure Guided Design and Kinetic Analysis of Highly Potent Benzimidazole Inhibitors Targeting the PDEδ Prenyl Binding Site.
Zimmermann G, Schultz-Fademrecht C, Küchler P, Murarka S, Ismail S, Triola G, Nussbaumer P, Wittinghofer A, Waldmann H.
J Med Chem. 57 5435-48, 2014
- Interaction of the human N-Ras protein with lipid raft model membranes of varying degrees of complexity.
Vogel A, Nikolaus J, Weise K, Triola G, Waldmann H, Winter R, Herrmann A, Huster D.
Biol Chem. 2014, 395,779-89.
- Rotational and translational dynamics of ras proteins upon binding to model membrane systems.
Werkmüller A, Triola G, Waldmann H, Winter R.
Chemphyschem. 14 3698-705, 2013
- Synthesis of lipidated peptides.
Rosi F, Triola G.
Methods Mol Biol. 1047 161-89, 2013
